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2021年12月10日，客服中心反饋國內(nèi)某研究所老師需要對其實驗現(xiàn)象進行機理分析，接到反饋后，測試工程師第一時間與客戶進行詳細溝通，情況如下：

客戶背景

客戶是國內(nèi)某研究所老師，其實驗中發(fā)現(xiàn)兩個多肽協(xié)同發(fā)揮作用，能夠抑制李斯特氏菌的生長，單獨作用沒有抑菌活性，推測兩個多肽協(xié)同作用于細胞膜。想通過分子動力學模擬，分析這兩個多肽是如何協(xié)同作用的，是否插入到細菌的細胞膜從而發(fā)揮抑菌作用，然后主動和我們溝通確認計算需求。

樣品名稱

多肽 Plantaricin S

客戶需求

1.兩個多肽協(xié)同發(fā)揮作用，能夠抑制李斯特氏菌的生長，單獨作用沒有抑菌活性，推測兩個多肽協(xié)同作用于細胞膜。想通過分子動力學模擬，分析這兩個多肽是如何協(xié)同作用的，是否插入到細菌的細胞膜從而發(fā)揮抑菌作用。

2.解析兩個多肽協(xié)同發(fā)揮作用對細胞膜脂質(zhì)雙分子層的破壞作用。是否插入膜中，是否穿過膜，穿過細胞膜的時間，以及兩個多肽之間的距離。

3.同時想知道，兩個多肽是反向平行作用效果好 還是正相平行效果好。

4.預期結果，既有兩個多肽進入細胞膜的模型，又有兩個多肽結合的模型。

解決方案

在本項目中，我們共計研究2個多肽分子體系，所對應的氨基酸序列，如下所示：

多肽 Plantaricin S，抑制致病菌的生長

β：KKKRGFWYHVGDAVTSFGRGFASAFG

α：RNKMAYNVGKAISRIMRRVR

利用UCSF Chimera構建 Plantaricin S對應α和β多肽，構建過程中，保持兩條多肽為標準alpha螺旋結構；

為了研究多肽α與多肽β之間相互作用模式，對其進行多肽-多肽對接。對接軟件：Rosetta。對接程序?qū)ε潴w在 Box 范圍內(nèi)進行構象搜索(conformational search)，最后根據(jù)配體的不同構象(conformation)，方向(orientation)、位置(position)及能量(energy)進行評分(scoring)，并最終對結果進行排序(ranking)。

客戶反饋

客戶對數(shù)據(jù)結果非常滿意，無論計算得到的數(shù)據(jù)還是我們提供的分析報告都非常專業(yè)嚴謹，客戶表示此結果發(fā)表文章中會注明我們公司貢獻，對我們的努力致謝！